先天性瓣膜缺損：出生時既有的瓣膜結構異常。瓣膜的構造以門做為比喻，包括瓣環(門框)、瓣葉(門扇)及與心臟腔室相連的腱索等(門片、門鍊)。任何結構異常都可能造成瓣膜功能不全，例如瓣膜大小異常、腱索連接位置錯誤等。

「兩瓣型主動脈瓣膜」即為先天性瓣膜疾病的一種，正常的主動脈瓣膜有三個口袋型瓣葉，若只有兩個瓣葉則會造成瓣葉閉合不全(漏血、逆流)，也無法完全打開(狹窄)，這種主動脈瓣膜先天病變常會併發嚴重瓣膜問題，大多需要手術介入治療。

瓣膜結構退化：瓣膜經過長久使用，因老化、鈣化而造成的結構損傷，例如瓣葉增厚、增長(脫垂)或是腱索斷裂等。

「退化性二尖瓣逆流」是常見的瓣膜疾病之一，二尖瓣與心臟肌肉相連的腱索斷裂或是瓣葉異常增長，都可能導致瓣膜閉合不全而產生血液逆流。

其他疾病：可能因為感染(風濕性心臟病、心內膜炎)使瓣膜沾黏、增厚。另外，因心臟或其他疾病導致心臟腔室擴大或心肌受損，也可能間接影響瓣膜功能，例如：

冠狀動脈疾病

心臟病(心肌梗塞)

心肌病變

心律不整

高血壓/高血脂

主動脈瘤

糖尿病

慢性腎臟病

胸部接受過放射線治療